מנהלים לא אוהבים מבנה ארגוני מטריצי. כשלעובד יש יותר ממנהל אחד – למשל, מנהל הפרויקט ומנהל התחום המקצועי – מתעוררות בעיות לעיתים תכופות. דוגמא פשוטה: כששני המנהלים מזמינים את העובד לישיבות שונות בעיתוי זהה, לאיזו מהן ילך? האם יחליט על כך בעצמו? האם יביא את העניין לידיעת אחד מהם, או לידיעת שניהם? מי מהם יחליט? אולי יחליטו ביחד?
המבנה המטריצי יוצר קונפליקטים כאלה וכמובן אף מסובכים מהם חדשות לבקרים, ולכן יש מנהלים, שמחליטים "לעשות סדר" בארגון ולברוח מן המטריצה, כלומר: לבטל את הזיקה הכפולה (ואולי אף יותר מזה) ולהכפיף כל עובד למנהל אחד בלבד. מנהלים אלה אמנם מכניסים סדר לארגון, אולם הם פוגעים ביכולותיו. בעיקר בארגונים מבוססי ידע (לא רק בארגונים עתירי ידע הקרויים היי-טק, הידע הוא הנכס האסטרטגי!) המטריצה חשובה ביותר.
עובדים בכלל ו"עובדי ידע" בפרט זקוקים לזיקות המרובות, שמתאפשרות במבנה המטריצי, וגם הארגון זקוק לכך. בארגון ה"מסודר", שבו יש לכל עובד מנהל אחד, יש פריון נמוך של ידע, ואין השבחה של הידע. לדוגמא: עובד מומחה נקלט לעבודה בארגון כזה. משלבים אותו בפרוייקט, מטילים עליו משימות, יש לו מנהל אחד ולכאורה הכל בא על מקומו בשלום. אולם האם בשיטה כזו מיצינו את פוטנציאל התרומה של המומחה לארגון? האם בשיטה זו הבטחנו, שהמומחיות שלו תמשיך להתפתח ושהידע שלו לא יישחק?
לעומת זאת, כשנקלט מומחה בארגון בעל מבנה מטריצי הוא יכול בו זמנית לתרום לצוותים רבים ומצד שני ללמוד עם אנשים שונים במקומות שונים, וכך גם הארגון וגם הוא יוצאים נשכרים. אמנם "בלגן" כזה מחייב תיאומים בין המנהלים, כשנוצרת תחרות על זמנו של העובד; אמנם מבנה כזה מייצר ניגודי אינטרסים נקודתיים בין צורכי היחידות הארגוניות השונות שלעובד יש זיקה אליהן; אולם רק מבנה כזה אכן מתייחס אל העובדים כאל הנכס החשוב ביותר בארגון, מאפשר לארגון להשיג תשואה גבוהה על ה"נכס" ומאפשר לו "להשביח את הנכס".
כיצד יתמודד הארגון עם המורכבות, ניגודי האינטרסים והקונפליקטים, שהם המחיר של המבנה מרובה הזיקות הזה? ארגון במבנה מטריצי מחייב, כמובן, תרבות ניהולית אחרת מזו של הארגון ה"מסודר". הוא מחייב סובלנות למצבים עמומים, שאין להם רק פתרון נכון אחד. הוא מחייב סגנון של WIN-WIN, שמאפשר פתרון קונפליקטים בהסכמה ולא בכוחנות. הוא מאפשר בו זמנית מחוייבות למשימות אבל גם השקעה בפיתוח היכולת של הפרט.
ניתן ללמוד מן הארגון הבסיסי ביותר, המשפחה, כיצד להתמודד עם "מבנה מטריצי". לרוב הילדים יש יותר מ"מנהל" אחד. במשפחות בריאות עובדה זו אינה מהווה בעיה. זה אכן מחייב "עבודת צוות" בין אבא ואימא, זה אכן מחייב ויתורים הדדיים, כבוד הדדי וגיבוי הדדי כדי לא לבלבל את הילד יותר מדי. אבל למרות חוסר הבהירות ב"מבנה הארגוני" ילדים צומחים בדרך כלל טוב יותר, כשהחיים מאפשרים להם ליהנות מן הזיקה הכפולה לשני ה"מנהלים" במשפחה שיש בה שני הורים.
רק ארגונים "קיאורדיים" (כל הזכויות להמצאת המושג שמורות לדי הוק המייסד והמנכ"ל לשעבר של ארגון VISA העולמי), כלומר, ארגונים שמאפשרים שילוב של כאוס ו-ORDER , שמעודדים את הפתיחות, המאפשרת התחברות טבעית של הפרט ליחידות ארגוניות שונות בו זמנית, כדי שיפיק מעצמו מירב התועלת לארגון ויפיק לעצמו מירב התועלת בלמידה מתמדת מאנשים ומצוותים שונים רק ארגונים כאלה ישגשגו בעידן המודרני.